結論からお伝えすると、今後もずっとフレッツテレビを利用する可能性が高くて、屋根上のアンテナが邪魔だと思うのなら撤去してもよいと思います。
フレッツテレビを利用しているなら、屋根上のアンテナはあっても意味ないですからね。
ただ、極稀で滅多にないことですが、最悪のケースとしてフレッツテレビを契約しているにも関わらずアンテナを撤去した後にテレビが見れなくなるという事態も有り得ます。（実際に私が経験しました）
なので、「アンテナ邪魔だから撤去したい！」とそこまで強く思っていないのであれば、残しておいてもよいと思います。
アンテナの撤去にも1万円ほどかかりますし。
逆に、今後フレッツテレビを解約してまたアンテナで見る可能性がある場合は、アンテナは残しておいた方がいいです。
「今後10年はフレッツテレビを解約しないだろう」というのであれば、アンテナは撤去してしまってもよいと思いますが。
で、もし今後再度アンテナが必要になったらその時に新しいのを購入すると。